As barreiras sanitárias nas entradas da cidade é mais um importante serviço realizado pela Prefeitura de Apodi. A realização desse serviço é diária, os veículos que entram na cidade são desinfectados.
As equipes fazem a aferição da temperatura dos passageiros e condutores, bem como oferecem orientações educativas. São duas barreiras realizadas todos os dias da semana.